Kita juga akan bertemu dengan macam-macam ekosistem yang ada di dalam laut. Selain terumbu karang dan ikan, kita juga bisa bertemu dengan kuda laut, aneka jenis udang lucu hingga bangkai kapal dan pesawat. Beberapa pantai yang bisa kita datangi untuk melakukan snorkeling atau diving di Raja Ampat antara lain : Pantai Yefpian, Pantai Olobi, Pantai Banos, Ganan, Pantai Teteruga dll.