Untuk menjangkau ke kawasan wisata Taman Nasional Bunaken sangatlah muda. Apabila Anda melakukan perjalanan melalui udara, Anda bisa langsung transit di Bandar Udara Internasional Sam Ratulangi yang ada di Kota Manado. dimana bandar udara ini terhubung dengan kota - kota besar lainnya di kawasan Indonesia seperti Jakarta, Surabaya, Makasar, Balikpapan dan juga Denpasar Bali. selain itu bagi Anda yang datang dari luar negeri seperti Malaysia, Singapura, Filipina juga bisa langsung transit di Bandara ini.