Sebenarnya wilayah dari bunaken telah dihuni oleh penduduk semenjak tahun 1400, dan penduduk yang pertama kali menghuni tempat ini merupakan imigran dari kerajaan Bowontehu ( Manado Tua ) serta wilayah yang ditempati meliputi pulau Bunaken, Mantehage, Siladen, Naen, Talise, pulau Bangka, Gangga dan wilayah pesisir utara semenanjung Minahasa