Di samping memiliki kelebihan-kelebihan, e-book juga tidak luput dari kekurangan. beriku ini beberapa kekurangan e-book :
1. Membutuhkan suatu perangkat lunak untuk membukanya, baik komputer atau alat lainnya. Sehingga kita membutuhkan waktu yang cukup lama hanya untuk membukanya, sedangkan buku biasa dapat langsung kita buka dan tutup sesuka hati .
2. Kenyamanan. Biasanya jika ingin membaca buku kita ingin dalam kondisi nyaman, seperti tiduran, duduk santai di sofa, dan tiduran di lantai. Hal ini tidak bisa kita lakukan dengan e-book, karena kita harus menatap PC atau laptop, dan terkadang kita tidak tahan untuk berlama-lama menatap monitor.
3. Mata yang tidak terbiasa untuk membaca di monitor. Hal ini membuat kebanyakan orang cenderung mencetak e-book dengan printer, setelah membaca beberapa halaman dari e-book.
4. E-book memiliki berbagai format, yang terlihat dari extension filenya seperti pdf, txt, doc, chm, dejavue, iSilo, dan lain-lain. Hal ini membuat dibutuhkan berbagai aplikasi berbeda untuk membukanya maupun membuatnya.Misal untuk format PDF, untuk membacanya umumnya menggunakan Acrobat dari Adobe. Untuk membuatnya menggunakan aplikasi sejenis PDF writer.
5. Tidak semua format e-book memiliki sekuriti yang baik. Misal format txt, sangat rentan terkena virus atau dijebol sekuritinya. Sedangkan pdf sudah memiliki sekuriti yang baik. Tetapi secanggih apapun format sekuriti e-book, karena digital, e-book tetap bisa dibongkar terutama oleh para hacker.
6. Sensasi. Maksudnya disini, kita memiliki rasa sensasi yang kita rasakan ketika membuka tiap-tiap lembaran dari buku biasa, namun hal ini tidak kita rasakan pada e-book.