Untuk berdirinya MTsN Tulungagung adalah merupakan Alih Fungsi, sebagai realisasi adanya Surat Keputusan Menteri Agama Nomor 16 Tahun 1978 dan dengan berpedoman Surat Direktorat Jenderal Bimbingan Masyaakat Islam tertanggal 10 April 1978 Nomor D.III/PGAN/A-g/2380 Perihal : Penggunaan Kurikulum Sekolah Dinas dan SP IAIN serta persiapan Akhir Ujian Negara tahun 1978, pada Lampiran III halaman 2. Dari Surat tersebut PGAN 6 tahun Tulungagung dibagi menjadi 2 (dua), yaitu