Suatu media pembelajaran tentu tidak ada yang sempurna begitu juga dengan Teka-teki silang ini diantaranya mungkin agak susah kalau digunakan dalam pelajaran misalnya Matematika , Fisika atau Kimia mungkin terdapat banyak kesulitan dalam pembuatanya sebab dalam pelajaran tersebut terdapat banyak angka , sehingga kalau TTS berisikan angka-angka mungkin agak sulit dalam pembuatan dan pengarjaan TTS terebut. Kalau misalnya mata pelajaran tersebut dibuat TTS harusnya kalau angka, angka semua kalau huruf , huruf semua jadi mungkin akan lebih mudah . Selain itu efisiensi waktunya , pembuatan TTS tidak butuh waktu yang sedikit sebab pembuatannya yang rumit jadi banyak membuang waktu tetapi berhubung teknologi jaman sekarang maju maa masalah tersebut bisa sedikit diatasi misalnya dengan komputer dan bisa langsung diprint . Yang terakhir kelemahanya yaitu materi-materi yang berupa menjelaskan atau memaparkan tidak dapat dijadikan bahan TTS sebab tempatnya terbatas selain itu dalam TTS hanya istilah-istlah atau kata singkatan atau akronim-akronim .