Di dalam kawasan terdapat sebuah gunung yang sudah tidak aktif lagi yaitu Gunung Manado Tua (+ 400 m dpl). Topografi dasar perairan secara umum memiliki konfigurasi relief/contur dasar yang beragam. Walaupun topografi dasarnya beragam, tetapi tidak terdapat daerah yang berbahaya.
Taman Nasional Laut Bunaken Manado Tua termasuk beriklim tropis dengan curah hujan berkisar antara 2.000 – 3.000 mm per tahun, suhu udara antara 260 – 310 C. Musim kunjungan terbaik adalah pada bulan Mei s/d Agustus.
Taman Nasional Laut Bunaken Manado Tua sebagai taman laut terindah di dunia memiliki keanekaragaman jenis organisme akuatik yang langka seperti ikan duyung, dugong-dugong, lumba-lumba dan berbagai jenis ikan hias seprti Hippocampus sp., kima raksasa, penyu sisik, penyu hijau. Di wilayah dataran terdapat monyet hitam (Macaca nigra).
Ekosistem Taman Nasional Laut Bunaken terdiri dari berbagai habitat seperti padang lamun, rumput laut, terumbu karang dan hutan bakau.
Sedang diterjemahkan, harap tunggu..
