Sudirman bertemu dengan Soekarno di

Sudirman bertemu dengan Soekarno di Jakarta, kemudian Soekarno memintanya untuk mempimpin perlawanan terhadap pasukan Jepang di Kota, namun Sudirman menolaknya dengan alasan tidak terbiasa dengan lingkungan di Jakarta. Sudirman bergabung dengan pasukannya di Kroya pada tanggal 19 Agustus 1945.

Sudirman dan beberapa rekannya sesama tentara PETA mendirikan cabang BKR di Banyumas pada akhir Agustus, setelah sebelumnya singgah di Kroya dan mengetahui bahwa batalion di sana telah dibubarkan.

Pertemuannya dengan komandan wilayah Jepang, Saburo Tamura, dan Residen Banyumas, Iwashige. Ia dan Iskak Cokroadisuryo memaksa Jepang untuk menyerahkan diri dan memberikan senjata mereka. Sebagian besar senjata ini digunakan oleh unit BKR Sudirman dan sisanya dibagikan kepada batalion lainnya.

Pada tanggal 5 Oktober Soekarno mengeluarkan dekrit pembentukan Tentara Keamanan Rakyat (TKR) terdiri dari TKR Darat, TKR Laut, dan TKR Jawatan Penerbangan. TKR mempunyai fungsi, yaitu untuk mempertahankan kemerdekaan dan menjaga rakyat Indonesia. Oerip Soemohardjo ditetapkan sebagai pemimpin sementara.

Pasukan Inggris, berhasil melucuti senjata tentara Jepang dan memulangkan tawanan perang Belanda, tiba di Semarang, dan kemudian bergerak menuju Magelang. Ketika Inggris mulai mempersenjatai kembali tentara Belanda yang menjadi tawanan perang dan sepertinya sedang mempersiapkan sebuah pangkalan militer di Magelang.

Sudirman mengirim beberapa pasukannya di bawah pimpinan Letnan Kolonel Isdiman untuk mengusir mereka; misi ini berhasil, dan tentara Eropa menarik diri dari Ambarawa, di tengah-tengah Magelang dan Semarang. Pada 20 Oktober, Ia membawahi Divisi V setelah Oerip membagi Pulau Jawa menjadi divisi militer yang berbeda.

Pada tanggal 12 November 1945, Sudirman terpilih sebagai pemimpin TKR saat berusia 29 tahun, melalui pemungutan suara yang berlangsung dua tahap. Ia berhasil mendapat 22 suara sedangkan Oerip hanya mendapatkan 21 suara. Ia tetap menunjuk Oerip sebagai kepala staff kemudian Sudirman dipromosikan menjadi Jenderal.

Tentara gabungan antara Belanda dan Inggris telah mendarat di Jawa pada bulan September, dan pertempuran besar telah terjadi di Surabaya pada akhir Oktober dan awal November. Ketidakstabilan ini, serta keraguan Soekarno atas kualifikasi Sudirman, menyebabkan terlambatnya pengangkatan Sudirman sebagai pemimpin TKR.