Kapasitas IPAL pada saat ini adalah sebesar 788,27 m3, debit air limbah pada tahun 2015 sebesar 302,80 m3/hari dan prediksi debit air limbah pada tahun 2020 sebesar 315,70 m3/hari, maka IPAL RSUD Jayapura masih mampu menampung debit air limbah pada tahun 2020 sehingga tidak perlu diadakan penambahan kapasitas IPAL.