Ada empat jalur trekking yang bisa Anda pilih, mulai dari short, medium, long sampai adventure. Panjangnya jalur trekking ini adalah 1 – 8 km tergantung jenis yang Anda pilih. Jika memilih long dan adventure, Anda akan diajak melewati hutan, sungai dan perbukitan yang indah. Sedangkan untuk short, perjalanan akan berakhir di atas perbukitan dengan pemandangan teluk yang mengagumkan. Namun, keempat jalur trekking tersebut akan melewati Water Hole sehingga Anda tak perlu bingung memilih jalur yang mana.
Selama trekking, Anda dan rombongan akan ditemani seorang ranger atau pemandu sekaligus pawang komodo. Ranger akan membekali Anda dengan tongkat yang ujungnya bercabang dua. Dikatakan bahwa tongkat tersebut dibuat dari satu jenis pohon yang bisa menjadi senjata untuk melemahkan komodo. Jika komodo menyerang atau mengejar tiba-tiba, ujung tongkat yang bercabang digunakan untuk menekan leher komodo, dalam waktu singkat komodo akan melemah dan berhenti menyerang.