Pada mulanya Taman Nasional Laut Bunaken ditemukan oleh sekolompok penyelam dari Kota Manado yang mencoba melakukan kegiatan ekspedisi penyelaman di tempat ini yang dilakukan pada tahun 1975. Dan pada saat mereka melakukan kegiatan penyelaman, nelayan setempat memperingatkan kepada para penyelam tersebut bahwa tempat yang mereka selami banyak terdapat roh jahat, akan tetapi para penyelam tadi tidak gentar dan terus melakukan kegiatan penyelaman. setelah mereka menyusuri tempat dibawah air laut Bunaken, penyelam - penyelam tadi menemukan tumbuhan laut di dinding karang masih murni dan ikan - ikan langka, yang membuat mereka terkagum - kagum melihat pemandangan yang sangat fantastis tersebut. semenjak itulah Bunaken menjadi tempat wisata yang sangat mempesona di Sulawesi Utara. kemudian pada tahun 1991 tempat ini menjadi salah satu Taman Nasional di Indonesia dan pada tahun 2005 Taman Nasional Bunaken menjadi salah satu situs warisan dunia setelah didaftarkan ke UNIESCO.