Ada dua pilihan untuk menginap jika ingin ke Bunaken. Pertama adalah menginap di Kota Manado. Kota Manado adalah kota yang menyebut dirinya waterfront city, kota pantai. Garis pantainya memanjang di sepanjang Teluk Manado. Kita bisa memilih banyak sekali hotel dengan berbagai kelas, mulai dari hotel melati seharga Rp 100.000 hingga hotel berbintang 5 yang harganya hingga jutaan rupiah semalam. Jika menginap di Kota Manado, untuk menuju Bunaken tinggal naik angkot ataupun taksi menuju Pelabuhan Kota Manado, diteruskan dengan kapal ke Bunaken.
Menginap di Kota Manado adalah menginap di suasana kota di pinggiran pantai. Pantai Boulevard Manado mirip dengan Pantai Losari di Makassar, di mana peruntukkannya lebih banyak bukan untuk mandi-mandi di laut, tetapi tempat santai dan nongkrong, terutama anak-anak muda. Untuk mandi dan menikmati laut, menginap dekat Pantai Malalayang adalah pilihan terbaik.
Pilihan kedua adalah menginap di Pulau Bunaken. Sebagai sebuah pulau yang dikelilingi laut, Pulau Bunaken mempunyai garis pantai yang panjang. Dengan garis pantai yang panjang inilah, di sepanjang pantai tumbuh industri penginapan dan perhotelan, yang biasanya berbentuk cottage atau rumah-rumah tinggal. Sewa cottage bervariasi, tetapi biasanya dihitung per orang. Semakin dekat letak cottage dengan taman laut, maka semakin mahal harga sewa per orangnya.
Rata-rata harga sewa per cottage di sini adalah Rp 150.000 hingga Rp 350.000 per orang per malam. Ini sudah termasuk makan 3 kali sehari. Menu makanannya lebih banyak berupa sea food, terutama ikan bakar.
Jangan membayangkan ada keramaian jika menginap di Bunaken. Cottage di sini betul-betul tempat istirahat. Tidak ada TV dan telepon. Yang menemani malam-malam adalah suasana jangkrik di kebun sekitar cottage diiringi deburan ombak laut. Damai dan menenangkan.
Cottage di sini cocoknya untuk suami istri yang sedang berbulan madu, atau orang-orang yang menginginkan ketenangan dan kedamaian. Cottage ini memang tempat istirahat yang jauh dari keramaian. Jika membawa anak-anak, kelihatannya lebih cocok untuk menginap di Kota Manado, karena hampir pasti mereka akan langsung bosan hanya melihat laut dan kebun di malam hari.