Pesantren khalaf bercirikan, pertama, memiliki menajemen dan administrasi dengan standart modern; kedua, tidak terikat atau tersentral pada figur guru; ketiga, memiliki pola dan sistem pendidikan modern dengan perpaduan kurikulum antara pelajaran berbasis ilmu agama dan mata pelajaran berbasis ilmu pengetahuan umum. Di Indonesia, pesantren jenis ini tidak banyak, jumlahnya sekitar 878 pesantren.