Untuk menuju Bunaken, kita bisa menggunakan perahu kecil yang biasa dioperasikan di Pelabuhan Kota Manado. Terdapat beberapa model perahu yang bisa kita gunakan di sini.
Speed boat biasa, harga sewanya sekitar Rp 500-700 ribu per perahu. Speed boat ini akan mengantarkan kita menuju terminal Taman Laut Bunaken. Karena speed boat ini tidak punya kotak kaca untuk melihat taman laut, di terminal Taman Laut Bunaken kita mesti pindah kapal yang ada kacanya. Pindah kapal ini harganya sekitar Rp 100 ribu per orang. Lebih baik rame-rame naik kapal ini, agar ongkos sewanya bisa ditanggung bersama. Kalaupun sendiri atau berdua, menunggu orang lain yang akan menyewa juga bisa.
Jenis kapal kedua adalah kapal yang mempunyai kotak kaca. Kotak kaca ini dipergunakan untuk melihat taman laut dengan segala biota di dalamnya. Karena taman laut ini relatif tidak terlalu dalam karangnya, maka dengan kaca di tengah kapal akan memudahkan orang untuk melihat. Kapal jenis ini harganya sekitar Rp 750 ribu hingga Rp 850 ribu, tergantung kemampuan kita menawar. Jenis kapal ini memuat maksimal hingga 12 orang. Seperti speed boat di atas, akan lebih murah untuk menyewa kapal ini secara berkelompok, ataupun menunggu orang yang sama-sama ingin ke Bunaken.
Yang lebih murah adalah jenis kapal Taksi. Kapal ini merupakan kapal penumpang yang merupakan alat transportasi penduduk di pulau Bunaken menuju Kota Manado. Biaya penyeberangan ini murah, cuma Rp. 10.000 per orang. Namun setidaknya ada 2 masalah jika menumpang kapal Taksi ini.
Pertama, adalah waktu keberangkatan. Kapal ini berangkat dari Bunaken menuju Kota Manado pagi hari sekitar jam 09.00. Waktu tempuh kapal ini sekitar 1 jam perjalanan. Nah, masalahnya perjalanan dari Manado hanya 1 kali sehari, yaitu sekitar jam 14.00 siang. Akibatnya, sampai di Bunaken sekitar jam 15.00.
Sebenarnya masih bisa dilanjutkan dengan melihat Taman Laut Bunaken dengan menyewa lagi kapal yang ada lantai kacanya. Tetapi karena sudah sore, maka tidak ada lagi kapal yang balik menuju Kota Manado. Karena tidak ada kapal taksi ini yang kembali ke Manado, maka mesti nginep di Bunaken, atau jika ingin kembali ke Manado, mesti carter kapal sendiri yang harganya sekitar Rp 300 ribu. Saya menyarankan kalau menggunakan cara ini, dilanjutkan bermalam saja di pulau Bunaken.
Masalah kedua adalah terminal pemberhentian kapal taksi ini. Karena kapal ini sebenarnya diperuntukkan untuk kapal penyeberangan bagi penduduk, maka kapal ini tidak berhenti di Taman Laut Bunakan, tetapi berhenti di sisi lain pulau, yang jaraknya sekitar 3 km. Tetapi hal itu sebenarnya ngga jadi masalah besar, karena ada ojek yang siap mengantar ke Taman Laut. Kecuali Anda bawa barang yang banyak, baru akan menjadi masalah. Ongkos ojek ke Taman Laut Bunaken ini sekitar Rp 10.000