Selanjutnya, sebagai upaya pemerintah untuk mengembangkan lembaga pendidikan tinggi Islam, khususnya yang berstatus Fakultas daerah (cabang), maka diterbitkan Surat Keputusan Presiden (Kepres) Nomor 11 Tahun 1997 tentang Pendirian Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri dan Keputusan Menteri Agama RI No. 315 Tahun 1997 tentang Organisasi dan Tata Kerja STAIN Tulungagung, Keputusan Menteri Agama RI. No. 348 Tahun 1997 tentang Statuta STAIN Tulungagung, Keputusan Dirjen Binbaga Islam Nomor: E/136/1997 tentang alih status dari Fakultas daerah menjadi STAIN dan Persetujuan Menteri Negara Pendayagu-naan Aparatur Negara (PAN) No.8.589/I/1997 tentang pendirian STAIN, yang telah merubah status semua fakultas cabang yang berada di bawah IAIN di seluruh Indonesia menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN).
Pada saat menjadi STAIN Tulungagung mempunyai 3 Jurusan yaitu Jurusan Tarbiyah, Jurusan Syari’ah, dan Jurusan Ushuluddin. Perubahan bentuk dari Fakultas Tarbiyah Tulungagung IAIN Sunan Ampel, menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Tulungagung memberikan otonomi yang besar untuk mengembangkan diri, baik dalam pengembangan akademik, manajemen maupun administrasinya, dibandingkan dengan yang dimiliki semula. Di antara bentuk pengembangan STAIN Tulungagung, yang semula masih menjadi IAIN hanya memiliki satu Fakultas Tarbiyah yang terdiri dari 2 jurusan, yaitu: Jurusan Pendidikan Agama Islam (PAI) dan Jurusan Pendidikan Bahasa Arab (PBA), maka sekarang (tahun akademik 2013/2014) telah memiliki 3 (tiga) jurusan untuk S1 dengan 12 (dua belas) program studi dan Program Pascasarjana (S-2) dengan 6 (enam) program studi.
Peran serta STAIN Tulungagung khususnya diwilayah Tulungagung dan sekitarnya besar sekali. Terbukti sejak berdiri sampai sekarang sudah banyak alumni yang terserap dimasyarakat baik yang menjadi PNS, wiraswasta, mubaligh, pengusaha maupun tokoh masyarakat. Hal ini menunjukkan bahwa keberadaan STAIN Tulungagung sangat bermanfaat dimasyarakat, sehingga perlu terus pengembangan dalam rangka mencerdasakan kehidupan bangsa dan dakwah islamiyah.